En virtud de la Directiva 2003/99/CE, la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) se encarga de coordinar la presentación de informes anuales de las zoonosis, los agentes zoonóticos, resistencia antimicrobiana (AMR) y los brotes de origen alimentario en la Unión Europea, así como analizar y resumir los datos recogidos. 

Hasta el año 2010, los datos sobre la resistencia a los antimicrobianos (RAM) en los animales y los alimentos fueron presentados por los países informantes y analizados por la EFSA en un nivel agregado (por ejemplo, como el número de cepas resistentes a una determinada sustancia antimicrobiana con respecto al número total de aislamientos probados ). Sin embargo, los datos a nivel aislado bacteriano permiten un análisis más a fondo de resistencia, incluyendo los patrones de multi-resistencia de aislamientos y descripción de la propagación clonal de cepas resistentes.

 

 

 

 

Los datos sobre la resistencia a los antimicrobianos se obtuvieron de 12 países voluntarios de informes. Desde la piscina de aislamientos disponibles, un subconjunto específico, se utilizó en este análisis primario. Más específicamente, la atención inicial se paga a los datos de CIM ocasionados por datos de seguimiento y vigilancia en los que las muestras se obtienen de los animales productores de alimentos o alimentos. Sólo los datos resultantes de los métodos de dilución, se tuvieron en cuenta y los aislados que había ausencia de información sobre uno de los antimicrobianos de interés se descartaron también. Por lo tanto, el subconjunto de interés primordial en este informe consta de 7677 aislamientos, de los cuales 5734 son similares a las muestras de los animales y a 1943 muestras de alimentos. Las cuatro especies principales bajo investigación son Salmonella , especies de Campylobacter especies de Escherichia coli, y las especies de enterococo.

El análisis de los datos se divide en dos partes principales. En primer lugar, el foco estaba en el análisis de multi-resistencia. En segundo lugar, se prestó atención al análisis de la asociación entre rasgos de resistencia a los diferentes antimicrobianos y la identificación de los posibles grupos.

Los patrones de resistencia de base se dirigió a través de la consideración de los antibiotipos distintas. Basado en el Epidemiológica valor de corte (ECOFF), cero-uno perfiles se construyeron para cada uno de los aislados, y representan la resistencia al vector de antimicrobianos. Variabilidad antibiotipo se evaluó mediante el cálculo de los números de frecuencia / total de antibiotipos únicas con al menos un resultado no susceptibles. Una exploración posterior de los datos incluyó la identificación de los patrones de susceptibilidad completos, así como los patrones de multirresistencia y coresistance. Estos resultados se presentan a través de tablas de frecuencias para las distintas combinaciones de subtipos de bacterias y de los países de informes.

Junto al análisis anterior, exploratorio, un análisis estadístico más incluye la detección de posibles asociaciones. A través de un análisis básico incluyendo las pruebas exacta de Fisher, hemos sido capaces de identificar algunas asociaciones básicas con respecto a la resistencia a los antimicrobianos múltiples. Un análisis más detallado se dedicó a la identificación de grupos específicos dentro de los subgrupos de los datos. Se prestó atención a un análisis de componentes principales (PCA), análisis de correspondencias múltiples (ACM) y el análisis de clases latentes (LCA). Una característica adicional interesante es la incorporación de covariables, como las subpoblaciones de animales de las que se obtuvieron los aislados y los Estados miembros en los que fueron recogidos. A través de la incorporación de estas covariables en el análisis, se puede detectar alguna resistencia aumenta o reduce de alguna de las categorías consideradas.