El PNCOCA describe los sistemas de control oficial a lo largo de toda la cadena alimentaria en España. En este plan nacional son 4 los Ministerios responsables de la coordinación de su aplicación: el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, el Ministerio de Derechos sociales, Consumo y Agenda 2030, el Ministerio de Sanidad y el Ministerio de Economía, Comercio y Empresa. 

El Plan Nacional se estructura a partir de 5 objetivos estratégicos:  

1. Garantizar el cumplimiento de la legislación en la producción primaria y operaciones conexas de alimentos y piensos; de las normas sobre salud y bienestar de los animales; de sanidad vegetal y productos fitosanitarios; y de las normas de higiene aplicables a estos ámbitos.  

2. Garantizar el cumplimiento de la normativa en seguridad alimentaria, nutrición y bienestar animal en los establecimientos, así como promover una alimentación saludable y sostenible en entornos escolares.  

3. Garantizar la consecución de un elevado nivel de calidad alimentaria, intensificar la lucha contra el fraude alimentario y proteger los legítimos intereses de las personas consumidoras a lo largo de toda la cadena alimentaria y productos agroalimentarios.  

4. Garantizar un elevado grado de protección en los intercambios en las fronteras españolas de animales, plantas, alimentos, piensos y otros productos.  

5. Garantizar un alto nivel de protección de la salud pública a través de la ejecución de controles sanitarios derivados de las funciones atribuidas en materia de certificación sanitaria a la exportación de productos alimenticios y alimentarios de origen no animal y del control de establecimientos en recintos portuarios, aeroportuarios y puestos fronterizos.